1955-ci il sentyabrın 29-da Tbilisi şəhərində hərbçi ailəsində dünyaya göz açmışdır. O, 6 yaşında olanda, atasının hərbi xidmətinin başa çatması ilə əlaqədar ailəsi ilə Bakıya köçmüşdür. 1962-ci ildə 20 saylı orta məktəbə getmiş, sonra təhsilini 134 saylı məktəbdə davam etdirmişdir. 1972-ci ildə Bakı Ali Ümumqoşun Komandirlər Məktəbinə daxil olmuşdur. 1976-cı ildə təhsilini başa vurub, motoatıcı ixtisası ilə Kalininqrad vilayətinin Qusev şəhərində hərbi xidmətə başlamışdır. O, 1978-ci ildə Kamçatka yarımadasında, 1981-84-cü illərdə Amur vilayətinin Obluçye şəhərində motoatıcı bölüyünün komandiri, 1984-86-cı illərdə isə məhdud sovet qoşunları tərkibində Əfqanıstanda 395-ci motoatıcı alayın motoatıcı taborunun kəşfiyyat rəisi, sonra isə həmin alayın kəşfiyyat bölüyünün komandiri olmuşdur.

E.Ağayev Əfqanıstanda xidmətini başa vurduqdan sonra Kalininqrad şəhərinə göndərilmişdir. 1989-cu ilə qədər burada motoatıcı alayın kəşfiyyat rəisi vəzifəsində işləmişdir. Bu müddətdə təhsilini davam etdirmiş, Solneçnoqorsk şəhərində Ali Zabitlər Kursunu bitirmiş, sonra xidmətini Almaniyada yerləşən Qərb Qoşun Qrupunda davam etdirmişdir. Onu əvvəlcə, 70-ci tank alayının kəşfiyyat rəisi, sonra isə Drezden 9-cu Əlahiddə Qvardiya kəşfiyyat taborunun komandiri təyin etmişlər.

Erməni quldurlarının torpaqlarımıza təcavüzü ilə əlaqədar olaraq o, 1992-ci ildə komandanlığa raport yazaraq Azərbaycana qayıtmışdır. Eldar Ağayev Milli Ordunun tərkibində özünün yaratdığı 775-ci reyd dəstəsinin komandiri kimi fəaliyyətə başladı. Bir müddətdən sonra isə 776-cı kəşfiyyat taborunu yaratdı və onun komandiri oldu.

O, 1997-ci ilə qədər həmin vəzifədə çalışmışdır. Onun rəhbərlik etdiyi tabor dəfələrlə torpaqlarımızın müdafiəsi uğrunda gedən döyüşlərdə qəhrəmanlıq nümunəsi göstərmişdir. 1995-ci ildə dövlətçiliyimizə qarşı çıxan “OMON”çuların tərksilah edilməsində də taborun böyük xidmətləri olmuşdur. Təsadüfi deyil ki, döyüş tapşırıqlarını layiqincə yerinə yetirən hərbi hissənin 18 əsgər və zabiti ən yüksək fəxri ada - “Azərbaycanın Milli Qəhrəmanı” adına, qalanları isə Azərbaycan Respublikasının orden və medallarına layiq görülmüşlər.

E.Ağayev 1997-ci ildən 2000-ci ilədək Azərbaycan Politexnik İnstitutunda (indiki Texniki Universitet - red.) hərbi kafedranın rəisi olmuş, 2000-ci ildən 2001-ci ilə qədər isə BAÜKM-nin kəşfiyyat kafedrasının rəisi vəzifəsində çalışmışdır. Onun xidmətləri bir çox mükafatlarla qiymətləndirilmişdir. Əfqanıstanda döyüş əməliyyatlarını müvəffəqiyyətlə yerinə yetirdiyinə görə “Qırmızı Ulduz” ordeni, “İgidliyə görə” medalı və SSRİ Ali Soveti Rəyasət Heyətinin Fəxri Fərmanı ilə təltif edilmişdir.

Qarabağ döyüşlərində göstərdiyi şücaətə görə “Azərbaycan Bayrağı” ordeni ilə təltif olunmuşdur.

Azərbaycan Respublikası prezidentinin 4 aprel 1995-ci il tarixli 307 saylı fərmanı ilə polkovnik Ağayev Eldar Əsgər oğluna “Azərbaycanın Milli Qəhrəmanı" adı verilmişdir. O, bu gün də öz şərəfli işini Ədliyyə Nazirliyində Məhkəmə Qərarlarının İcrası Baş İdarəsinin təlim-tədris mərkəzinin rəis müavini vəzifəsində layiqincə davam etdirir.

Sovetlər birliyi zamanı "Qırmızı Ulduz", "İgidliyə görə" ordenləri ilə təltif olunub. Qarabağ döyüşlərində iştirak etdiyi üçün "Azərbaycan Bayrağı" ordeni ilə təltif olunub.

Azərbaycan Respublikası prezidentinin 4 aprel 1995-ci il tarixli 307 saylı fərmanı ilə Ağayev Eldar Əsgər oğluna "Azərbaycanın Milli Qəhrəmanı" adına layiq görülüb.

Bir övladı var idi.

17 may 2013-cü ildə vəfat edib.

Doğum Günü - 29.09.1955
Anım Günü - 17.05.2013